Thanh Vân là một xã miền núi, vùng đất cổ truyền, hình thành cùng với quá trình dựng và giữ nước của dân tộc. Trải qua thời gian lâu dài của lịch sử, các thế hệ con người của quê hương Thanh Vân đã cần cù lao động, sang tạo, khai phá đất đai, dựng lên làng xóm; kiên cường, dũng cảm để bảo vệ xóm làng. Truyền thống ấy càng được phát huy và tỏa sang kể từ khi có ánh sáng của Đảng chỉ đường, dẫn lối.
Tên Thanh Vân là tên gọi xuất hiện từ thời Lê trong bản thần tích của làng/xã Thanh Vân được quan Quản giám Bách thần Tri điện hưng lĩnh Thiếu khanh Nguyễn Hiền sao chép từ bản gốc do Nguyễn Bính soạn từ năm Hồng phúc nguyên niên ( 1572). Ngày nay, Thanh Vân vẫn là tên một xã của huyện Hiệp Hòa. Tuy nhiên, phần đất xã Thanh Vân ngày nay có sự sát nhập thêm phần đất của làng/xã Hoàng Lại xưa và ấp 36 mẫu.
Thời Lê Trung hưng ( thế kỷ 16 – 18) tức thời kỳ “ vua Lê, chúa Trịnh” xuất hiện đơn vị hành chính cấp tổng thì làng/xã Thanh Vân và Hoàng Lại thuộc tổng Hoàng Vân, huyện Hiệp Hòa, phủ Bắc Hà, đạo xứ/trấn Kinh Bắc.
Thế kỷ 19, cả Thanh Vân – Hoàng Lại thuộc tổng Hoàng Vân. Sách Địa lý hành chính Kinh Bắc của cố học giả Nguyễn Văn Huyên ghi chép về địa danh hành chính các phường xứ Kinh Bắc.
Theo Địa bạ xã Thanh Vân sao năm Đồng Khánh 3 ( 1888) đã kê khai số công điền, công thổ, tư điền, tư thổ có tổng số 466, 5 sào, 7 thước. Địa bạ xã Hoàng Lại sao ngày 10 tháng 9 năm Đồng Khánh 3( 1888) kê khai tổng số công, tư điền thổ có 300 mẫu, 4 sào, 4 thước. Công điền thực canh có 2 mẫu, 6 sào 8 thước. Tư điền thực canh có 112 mẫu, 6 sào, 8 thước. Tư điền phát canh 161 mẫu, 2 sào, 8 thước. Tư thổ trạch vườn, ao có 22 mẫu, 7 sào. Dân cư thổ trạch có 1 mẫu, 1 sào.
Trước tháng 8/1945, là phần đất của xã Thanh Vân và xã Hoàng Lại, cùng Ấp 36 mẫu ( tức ấp Gò Táo hay trại Ông Nhuận sau gọi là Tam Hợp). Trong thời kỳ kháng chiến chống thực dân Pháp, xã Thanh Vân sát nhập với xã Đồng Tân gọi là xã Đồng Tiến. Năm 1953, tách xã này thành hai xã Đồng Tiến và Đồng Tân. Năm 1971, đổi tên gọi xã Đồng Tiến thành xã Thanh Vân như cũ. Hiện nay, xã Thanh Vân có 7 thôn, mỗi thôn lại thành lập lên các xóm/trại/ đội để rễ gọi và phân biệt. 7 thôn của xã Thanh Vân gồm thôn Tam Hợp, thôn Hoàng Lại, thôn Đồng Điểm, thôn Thanh Vòng, thôn Thanh Phác, thôn Thanh Lay, thôn Thanh Bình.
